R - Pakete
Bei R handelt es sich um eine Softwareumgebung und Programmiersprache zur Verarbeitung, Auswertung und grafischen Darstellung von Daten. R ist kostenlos und OpenSource und erlaubt es jedem Nutzer selbst entwickelte Methoden durch R Pakete anderen Wissenschaftlern zur Verfügung zu stellen.
RFSurrogates
Dieses R Paket stellt Funktionen zur Verfügung, um relevante Variablen mittels der Random Forest basierten Methode mutual impurity reduction (MIR) zu selektieren und um Variablenbeziehungen anhand von mutual forest impact (MFI) zu analysieren. Bei diesen handelt es sich um Weiterentwicklungen der Verfahren aus dem Paket SurrogateMinimalDepth.
Github: https://github.com/AGSeifert/RFSurrogates
Publikation: Lucas F. Voges, Lukas C. Jarren, Stephan Seifert Bioinformatics 39, btad471 (2023).
Surrogate Minimal Depth
Dieses R Paket stellt Funktionen zur Verfügung, um relevante Variablen mittels der Random Forest basierten Methoden Surrogate Minimal Depth (SMD) und Minimal Depth (MD) zu selektieren und um Variablenbeziehungen anhand von Surrogatvariablen zu analysieren. Es wird seit 2023 unter dem Namen RFSurrogates weiterentwickelt
Github: https://github.com/StephanSeifert/SurrogateMinimalDepth
Publikation: Stephan Seifert, Sven Gundlach, Silke Szymczak Bioinformatics 35, 3663-3671 (2019).
DoubleqpcR
Dieses R Paket stellt Funktionen, Methoden und Beispiele zu Verfügung, welche die folgende Publikation begleiten. Mithilfe dieses Paketes können Double-qpcR Experimente ausgewertet und analysiert werden.
Github: https://github.com/LucasFVoges/DoubleqpcR
Publikation: Nils Wax, Lucas F. Voges, Soeren H. Wenck, Jana L. Herold, Stephan Seifert, Markus Fischer Food Control 152 (2023)
Pathway Guided Random Forest
Dieses R Paket enthält verschiedenartige Random Forest basierte Methoden für die Identifizierung relevanter Pathways oder Variablengruppen. Des Weiteren enthält es Funktionen, um Pathway-basierte Genexpressionsdaten zu simulieren.
Github: https://github.com/szymczak-lab/PathwayGuidedRF
Publikation: Stephan Seifert, Sven Gundlach, Olaf Junge, Silke Szymczak Bioinformatics 36, 4301-4308 (2020)
DataPathwayGuidedRF
Dieses R Paket stellt die vorverarbeiteten experimentelle Benchmark Datensätze aus der folgenden Publikation zur Verfügung.
Github: https://github.com/szymczak-lab/DataPathwayGuidedRF
Publikation: Stephan Seifert, Sven Gundlach, Olaf Junge, Silke Szymczak Bioinformatics 36, 4301-4308 (2020)
Pomona
Dieses R Paket stellt neu implementierte Methoden der Variablenselektion, wie z.B. Boruta zur Verfügung.
Github: https://github.com/silkeszy/Pomona
Publikation: Frauke Degenhardt, Stephan Seifert, Silke Szymczak Briefings in Bioinformatics 20, 492-503 (2019).